Comparaison de génomes microbiens

Connaître les concepts et les principales méthodes bioinformatiquespour comparer un jeu de données de génomes microbiens. Construire et évaluer la qualité d’un jeu de données. Savoir mettre en œuvre une comparaison de génomeset en interpréter les résultats.

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Aucun prérequis n’est nécessaire pour cette formation

Programme :

Construction d’un jeu de données
- Téléchargement de données publiques
- Evaluation de la qualité
- Caractérisation de la diversité génomique
Stratégies de comparaison :
- Constructions de famille de protéines
- Alignement de génomes complets
Analyse des résultats :
- Notion de core et pan-génome
- Notions élémentaires de phylogénomique
- Visualisation et interprétation des résultats

Mise en pratique sur un jeu de données bactériens, utilisation des logiciels Mash et Roary sous Galaxy.

Voici tous les supports présentés lors de cette formation :

Supports en ligne au format HTML ou au format PDF

References

Reuse

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